癌症的治療可分為三大類，其一位手術治療，其二為放射線治療，其三為藥物治療。藥物治療為三種治療當中，可以真正達到全身性治療效果的。
專門針對癌症疾病的藥物可大致分為以下三大類：化學治療藥物、荷爾蒙治療藥物、標靶治療藥物(廣義的)。化學治療可以依照藥品的作用方式主要分為烷基化劑(alkylating agents)、抗代謝劑(antimetabolites)、位置異構酶抑制劑(topoisomerase inhibitors)、微管抑制劑(microtubule inhibitors)及其他。
在此廣義的標靶治療藥物可分為訊息傳遞抑制劑(signal tranduction inhibitors)、血管新生抑制劑(angiogenesis inhibitor)、免疫治療(immunotherapy)、等。
以下藥物為本院癌症治療的藥物包含傳統化學治療藥物、荷爾蒙治療藥物、免疫治療藥物、標靶治療藥物，等。依照字母排列，方便查詢：
化學治療是癌症治療重要的一個治療方法。相較於手術和放射線治療，化學治療的優點是全身性治療。癌細胞常常會離開原位，到遠方旅行，如果找到適當的地方住下來，就變成遠端轉移。
化學治療可以在癌細胞還沒有落腳時，就可以殺害癌細胞，因此而減少遠端轉移的機會。如果癌細胞已經侵占地土，化學治療也可以阻止他不得再轉移。相對於局部的治療，化學治療造成的副作用的比較大。
傳統的細胞毒性化學治療，攻擊的對象是分裂快速的細胞，所以會出現白血球降低、掉髮、等副作用。
化學治療攻擊的細胞大多為分裂快速的細胞，人體中分裂快速的細胞包括，血球細胞〈白血球、紅血球、血小板等〉、頭髮毛囊細胞、胃腸道表皮細胞、生殖細胞，等。
常見的副作用包括：白血球過低而導致容易感染、落髮、口腔或食道黏膜破損發炎、生育功能降低等。
另有些副作用是特殊類別藥物才會引起的，例如：心臟肌肉的傷害，過敏反應、噁心嘔吐、神經病變、肝腎功能下降…等。
傳統化學治療的進展，除了新的化學結構藥物不斷地出現，這些藥物與同類較老的藥物比較，有比較少的副作用，但是常常也出現了其他的問題，例如白金類藥物，比較後來出現的carboplatin比之前的cisplatin比較沒有腎臟的副作用，但是卻有血小板過低的副作用。
另外有許多老的藥物以新的製劑出現，例如小紅莓(Doxorubicin)，傳統的製品容易造成慢性的心臟肌肉的傷害，新的劑型將小紅莓包成一個一個的小球，減少心臟肌肉的毒性，也提升病人長期的生活品質。
標靶治療顧名思義，藥物治療的標的專一，相對於傳統的化學治療，他們治療癌症的方式，不是去傷害遺傳物質造成細胞直接的毒殺，而是對於癌症的發展生長與轉移背後的控制系統進行反調控，因為他們專一的作用，使得接受治療的病人也非常的專一，通常都必須具備某種分子的特異性，對這類藥物治療才有效。例如治療肺癌的艾瑞莎、治療乳癌的賀癌平、治療白血病的基利克…等。
有一些癌症(如乳癌與前列腺癌)的發生與體內的荷爾蒙有密切的相關，如果可以調控特定荷爾蒙的製造或功能，就可以控制癌細胞的生長。例如治療乳癌的諾瓦得士(tamoxifen)，就是一個阻止女性體內的女性荷爾蒙作用的藥物。這類的藥物沒有傳統的化學治療藥物造成的細胞毒殺作用，副作用較溫和。